胶州湾的河口和近岸水域，海洋微生物的说量高于湾内及其他海域，总异养菌有明显的季节变化，夏季可达10³--10⁵个/毫升，菌量与水体油污程度大致呈正相关，氨化菌群说量高于硝化菌群。海带、裙带菜藻体表面和养殖水体生长大量的褐藻酸降解菌，紫菜藻体表面及其养殖水体有琼胶分解菌。近年从海水和底泥中分离出多种光学细菌，是虾、贝育苗的良好饵料添加剂，在改善养殖水体中起积极作用。